学院下辖综合办、教学办、科研办、学生办等4个管理办公室。

教学机构设置医学电子信息工程系、医学材料工程系、实验教学中心；医学电子信息工程系下辖数理教研室、电子教研室、信息教研室。医学材料工程系下辖材料教研室。科研机构设置广东省普通高校生物医学工程技术研究中心。